Después de la reunión histórica del Consejo Privado de Saint-Louis (Norte de Senegal), la decisión fue tomada de internar Sheikh Ahmadou BAMBA en Gabón. El Sheikh fue trasladado a Dakar, donde llegó en la noche del jueves 19 de septiembre de 1895.
Ubicado en una autóctono llamado Binta Ibra Gueye, el Sheikh entonces en ayuno, vio inmediatamente convocado por el gobernador de Dakar cuya ira, vertiendo sobre él, lo obligó a pasar la noche en una célula infectada con el inhospitalidad marcó tan fuertemente al Sheikh que escribió más tarde:
«Cuando pienso en lo que se decidió, en este gobernador y en este calabozo, me pillan inmediatamente las ganas de combatir con los armas, pero El que borra los pecados [Profeta] me disuade …»
Cheikh Ahmadou BAMBA, finalmente embarcó el sábado 21 de de septiembre de 1895 en el buque «Ville de Pernambouc» en la que tendrá que hacer frente a otras pruebas, incluyendo: la hostilidad abierta de la tripulación, las acometidas de un toro suelta a su santa persona a la que se ha conservado milagrosamente etc.
Una vez en las islas, el Sheikh, como describió con sus propias palabras, fue sujeto a todo tipo de abusos y acosos, y eso a lo largo de sus estancias sucesivas en la selva de Mayumba, en Lambaréné y en otros lugares.
La humedad, el gran número de enfermedades tropicales, pero sobre todo la soledad que caracteriza a estos lugares también hicieron de estos años más difíciles de la existencia del Sheikh, aislamiento notable en muchos de sus escritos en los que expresaba con humildad todo su compromiso, la confianza y la agradecimiento a su Majestuoso así como su determinación inquebrantable de permanecer «el Esclavo de Dios y Sirviente del Profeta (que la paz sea con Él) de permanecer.»
Tener testigos a los elementos de la naturaleza, que tenía esta profesión: «O Océano de Mayumba testifique que yo soy el Esclavo de [Dios], El que perdona los pecados, y que sigo siendo el sirviente del [Profeta] el Elegido ! Testifican que como íntimo amigo de [Profeta], el que colma de honores a sus amigos, rechazo de cualquier forma la asociación con Dios y adoro que el! «
Estas pruebas y otras privaciones que se había infligido voluntariamente el Sheikh para Dios tuvieron como espectadores los habitantes originales de estas tierras o nativos de Senegal, algunos tuvieron que mostrarle su estima o incluso su lealtad. El Sheikh también, tendrá que encontrarse durante el Exilio con números de personalidades notables de esta época, tales como el futuro primero diputado de África Negra, Blaise DIAGNE, entonces funcionario de las Aduanas, su discípulo y hermano Mame Cheikh Anta MBACKE que emprendió el peligroso viaje en Gabón.
El Sheikh mantuvo una correspondencia con el ilustre resistente guineano Almamy Samory Toure, deportado desde 1899 a Ndjolé, Gabón, donde también encontró la muerte 2 de junio de 1900. Se informa que El Sheikh efectuó cuando escuchó la noticia, la oración fúnebre por él desde Lambaréné, según la Sunnah profética. El ex Bourba Jolof Samba Laobe Penda, exiliado cinco meses después de que el Sheikh, debido, en parte, las relaciones que enlazan con él, también tuvo que encontrarlo en Gabón…
Estas son algunas de las dificultades que encontró Serigne Touba durante sus viajes. En 1910 las autoridades francesas resolvieron que no deseaba la guerra y decidieron colaborar con su doctrina. Bamba recibió la Legión de Honor, que decidió no ponerse durante su reclutamiento para la Primera Guerra Mundial.